Jak Theo walczy, aby nadać sens swojemu nowemu życiu w Wayward Pines, rozpoznaje swoją wartość jako jedyny chirurg w mieście i wykorzystuje to jako przewagę, aby zyskać odpowiedzi na wiele pytań, które ma odnośnie statusu swojej żony, Rebeccy, i prawdę o mieście od przywódcy Pierwszego Pokolenia Jasona Higginsa. CJ Mitchum (Djimon Hounsou), oryginalny mieszkaniec Wayward Pines i historyk miasta z rozległą wierzą o jego skomplikowanych początkach, jest jedyną osobą, która może dostarczyć unikalne połączenie między obecnym światem Wayward Pines a poprzednim światem, który zamieszkiwali ludzie. Tymczasem Megan Fisher kieruje badaniami nad Abbies, Theresa (gościnnie Shannyn Sossamon) gorączkowo szuka swojego syna, Bena (gościnnie Charlie Tahan), a CJ Mitchum stoi na czele ważnego i potencjalnie śmiertelnego projektu poza ogrodzeniem.