Piąty i ostatni sezon rozpoczyna się po złowieszczych wydarzeniach ubiegłego sezonu, w którym jest rok 2036 i przytłaczające reguły Obserwatorów. Zespół Fringe - zachowany w bursztynie 20 lat - jest teraz buntowniczym zespołem walczącym o wolność. Peter, zjednoczony ze swoją dorosłą córką, Ettą, stara się dowiedzieć co się stało z jego żoną i mamą Etty - Olivią - kiedy rozpoczynają swoją misję ratowania świata od Obserwatorów.