Sześć miesięcy po wydarzeniach ostatniego sezonu, Booth, Brennan, córka Christine i nowe dziecko pozornie wiodą wymarzone życie, z dala od pełnego morderstw życia, które pozostawili za sobą. Ale jak sprawa z bliskimi osobistymi powiązaniami z parą zmusza Brennan do zaangażowania się w kryminalistyczną analizę szczątek, a Booth tajemniczo znika, następuje śledztwo FBI w sprawie miejsca jego pobytu nadzorowane przez agentkę Grace Miller (gościnnie Kim Raver), która pracuje blisko z agentem Jamesem Aubreyem przy sprawie. Jednak napięcie powstaje jak Miller próbuje zbadać jednego z zespołu jako głównego podejrzanego. Sprawa również sprawia, że Brennan kontaktuje się z członkiem rodziny Bootha (gościnnie Dilshad Vadsaria), a „stażysta” Arasto Vaziri (gościnnie Pej Vahdat), który wypełniał stanowiska szefa antropologów kryminalistycznych pod nieobecność Brennan, ma nadzieję, że tymczasowe stanowisko stanie się stałe.