Kolejna warstwa zostaje dodana do tajemnicy miejsca pobytu Bootha i jego fizycznego stanu, kiedy zespół dowiaduje się, że agentka FBI Miller (gościnnie Kim Raver) nie była całkowicie zgodna z prawdą z FBI i zespołem Jeffersonian, ukrywając przed nimi ważne informacje, które mogły doprowadzić go do Bootha. Tymczasem zespół Jeffersonian otrzymuje zaskakującego gościa, cyfrowego kryminalistycznego naukowca z FBI, dr Benjamina Metzgera (gościnnie Josh Casaubon), który pracuje z Angelą próbują rozszyfrować informacje, które zespół był w stanie odkryć odnośnie miejsca pobytu Bootha i okoliczności dotyczących jego zniknięcia. Również Arastoo dokonuje ważnej decyzji, która wpływa na jego osobisty i zawodowy związek z Cam.