Więzienie Alcatraz zostało zamknięte 21 marca 1963 roku. Oficjalnym powodem zlikwidowania placówki były kwestie finansowe. W rzeczywistości jednak władze próbowały zatuszować fakt niejasnego zniknięcia ponad dwustu pięćdziesięciu skazańców i kilkudziesięciu strażników, których rzekomo przeniesiono do innych zakładów karnych. Po latach zaginieni bądź uznani za zmarłych przestępcy w tajemniczych okolicznościach zaczynają pojawiać się na ulicach San Francisco. Odporni na działanie czasu kryminaliści popełniają kolejne zbrodnie. Tajny agent rządowy Emerson Hauser (Sam Neill) usiłuje rozwiązać zagadkę. W sprawę zostaje także uwikłana młoda detektyw Rebecca Madsen (Sarah Jones). Policjantce przychodzi z pomocą doktor kryminologii Diego Soto (Jorge Garcia), który opublikował książkę na temat historii słynnego zakładu karnego. W trakcie śledztwa wychodzi na jaw, że osadzeni byli poddawani tajnym eksperymentom.