10-odcinkowy psychologiczny thriller rozpoczyna się po szokujących wydarzeniach finału pierwszego sezonu, gdzie mieszkańcy Wayward Pines walczą z rządami żelaznej pięści Pierwszego Pokolenia. Dr Theo Yedlin (Jason Patric) — nowy mieszkaniec Wayward Pines — budzi się z letargu i odkrywa, że jest pośrodku tej rebelii, jak próbuje zrozumieć czym Wayward Pines naprawdę jest i pomóc ochronić zagrożoną ludzką rasę. CJ Mitchum (Djimon Hounsou), oryginalny mieszkaniec Wayward Pines i historyk miasta z rozległą wiedzą o jego złożonych początkach, jest jedynym, który może dostarczyć unikalny most między obecnym światem Wayward Pines i poprzednim światem, który zamieszkiwali ludzie. Megan Fisher (Hope Davis) jest odpowiedzialna za badania naukowe prowadzone nad Abbies, i pozostaje głęboko zaangażowana w rozwój serc i umysłów przyszłej ludzkości — „Pierwszego Pokolenia” Wayward Pines.