Jeden z starych wrogów Johna, terrorysta Malik Ahmad, kradnie arsenał głowic jądrowych i naukowca, aby je aktywować. John jest zmuszony pracować z jego wrogiem Olgą Petrovką w celu zniszczenia ich i ratowania naukowca. Tymczasem Natalie i Malcolm starają się chronić tożsamość Johna przed śledztwem FBI.