Drugi sezon rozpoczyna się od pierwszej ucieczki Chapo z więzienia i ujawnia krytyczną rolę jaką skorumpowani rządowi urzędnicy odegrali w jego rozwoju nad konkurencyjnymi szefami karteli. Widzowie również zobaczą jak jego misja, aby stać się przywódcą kartelu Sinaloa, najpotężniejszej przestępczej organizacji na świecie, wpływa na życie tych, którzy są mu najbliżsi — w tym jego rodzinę.