Serial śledzi udręczonego podróżnika w czasie Jamesa Cole’a (Aaron Stanford) i wirusolog Cassandrę Railly (Amanda Schull) jak próbują ocalić świat przed Armią 12 Małp, które uwolnią plagę, która zabije większość ludzkości.

W drugim sezonie serial zostawił za sobą historię plagi, aby zagłębić się bardziej w prawdziwe motywację Armii.