Drugi sezon, w którym pojawią się  Jason Patric („Rush”, „Narc”), Djimon Hounsou („Blood Diamond”, „In America”) i Hope Davis („American Crime”, „The Newsroom”), ma miejsce po szokujących wydarzeniach pierwszego sezonu, gdzie mieszkańcy Wayward Pines walczyli z rządami żelaznej pięści Pierwszego Pokolenia. Dr Theo Yedlin (Patric) — nowy mieszkaniec Wayward Pines - budzi się, aby znaleźć się w środku buntu, jak próbuje zrozumieć czym Wayward Pines naprawdę jest i pomóc ocalić ludzką rasę.

W drugim sezonie również powrócą tom Stevens („Cedar Cove”) jako Jason Higgins, członek Pierwszego Pokolenia i młody akolita Pilchera, Nimrat Kaur („Homeland”) jako Rebecca, która ma swoje własne sekrety ukrywane przez Teo, swoim mężem, Josh Helman („Mad Max: Fury Road”) jako Xander mieszkaniec pracujący, aby zniszczyć Wayward Pines od środka i Kacey Rohl („Hannibal”) jako Kerry, jeden z poruczników Jasona w wojnie domowej trwającej w Wayward Pines.

W drugim sezonie również powracą Terrence Howard (jako szery Arnold Pope), Carla Gugino (jako Kate Hewson), Toby Jones (jako dr Jenkins/David Pilcher), Melissa Leo (jako pielęgniarka Pam), Tim Griffin (jako Adam Hassler), Shannyn Sossamon (jako Theresa Burke) i Charlie Tahan (jako Ben Burke).