15 miesięcy po wydarzeniach w Arctic Biosystems, nowy zespół Centrum Kontroli Chorób z dodatkiem biotoksykologa Kyle'a Sommera odpowiada na potencjalny wybuch epidemii na statku Windjammer na Północnym Pacyfiku. Ich poszukiwania prowadzą na wyspę zajmowaną przez tajemniczy kult prowadzony przez charyzmatycznego Michaela. Tymczasem 40 lat w przyszłości Walker pojawia się w tym samym czasie na wyspie w poszukiwaniu Alana Farraguta.