Noble, który pojawi się tylko w premierze sezonu, zagra Monsignora Vegę, biskupa watykańskiego, który potajemnie jest szefem Heretyckiego Zakonu Cieni. Napędzana przez ich radykalne wierzenia, 300-letnia sekta w kościele rzymskokatolickim skupia się na doprowadzeniu do powrotu Mrocznych Wieków. Aby tego dokonać muszą zniszczyć Bibliotekę.

I to nie jest wszystko z czym Flynn, Eve i grupa będą musieli się zmierzyć. Nichols będzie powracać jako Nicole Noone, wykwalifikowana wojowniczka i wcześniejszy opiekun Flynna, którą uważał za zmarłą od trzynastu lat (i przed rozpoczęciem serialu). Nicole była tą, która pomogła Flynnowi dostosować się do swojej nowej odpowiedzialności jako Bibliotekarz podjął się tego nowego zadania.

Niestety ich partnerstwo się skończyło, kiedy próbowali powstrzymać ninje z Ligi Śmiertelnych Skorpionów z skradzionego wehikułu czasu H.G. Wellsa, który potem eksplodował. Teraz Flynn musi dowiedzieć się czy mogą ufać tajemniczo wskrzeszonemu opiekunowi — i co to znaczy dla jego relacji z Eve, swoim obecnym opiekunem.