Po szokującym cliffhangerze w finale pierwszego sezonu „Killjoys”, drugi sezon rozpoczyna się z Dutch i Johnem jak próbują rozpaczliwie znaleźć ich kompana, który został porwany przez dwulicowego i tajemniczego mentora Dutch z dzieciństwa, Khylena (Rob Stewart, „W garniturach”). Jak zaskakujące prawdy zostają ujawnione, wierność Killjoyów jest testowana jak zmagają się, aby znaleźć równowagę w ich rodzinie killjoyów i bronić dobra Quadu.