Jak detektyw Jim Gordon (Ben McKenzie) i etycznie wątpliwy doświadczony detektyw Harvey Bullock (Donal Logue) stoją na czele walki z przestępczością w tym niebezpiecznie skorumpowanym mieście, drugi sezon będzie świadkiem tego jak moralny kompas Gordona zostaje zachwiany, jak konfrontuje się z najbardziej znanymi przestępcami Gotham. W tym samym czasie, będzie kontynuował swoje dążenie od odzyskania zaufania młodego Bruce’a Wayne’a (David Mazuoz), który jest na wyraźnej ścieżce w kierunku stania się mężczyzną, którym pisane mu jest być, po odkryciu najgłębszych sekretów swojego ojca.

W epickiej wojnie, która miała miejsce na zakończenie pierwszego sezonu, Oswald Cobblepot aka Pingwin (Robin Lord Taylor) wywalczył sobie drogę do władzy w podziemnym świecie Gotham. Zmierzając do drugiego sezonu „Gotham” będzie nadal śledzić rozwijające się historie najbardziej znanych złowrogich złoczyńców miasta: Edwarda Nygmy/Człowieka-Zagadki (Cory Michael Smith), którego przemiana z eksperta kryminalistyki w policji do psychicznie niezrównoważonego złoczyńcy trwa; Seliny Kyle/Kobiety Kot (Camren Bicondova), którego trudne życie zaciągnęło ją do przestępczego świata; i coraz bardziej niestabilnej Barbary Kean (Erin Richards). „Gotham” będzie również badać początki nowych złoczyńców, w tym Jokera i pana Freeze.